Jak skutecznie przygotować firmę do kontroli po otrzymaniu dotacji w 2025 roku

Otrzymanie dotacji unijnej lub krajowej to dopiero początek drogi – prawdziwym wyzwaniem jest prawidłowe zrealizowanie projektu i pomyślne przejście kontroli. Statystyki Ministerstwa Funduszy i Polityki Regionalnej z pierwszego kwartału 2025 roku pokazują, że blisko 38% firm musi zwrócić część otrzymanego dofinansowania z powodu nieprawidłowości wykrytych podczas kontroli.

W tym praktycznym przewodniku przedstawiamy sprawdzone metody przygotowania firmy do kontroli dotacji oraz ekspertowe wskazówki, jak zminimalizować ryzyko zwrotu środków. Opieramy się na najnowszych wytycznych instytucji zarządzających oraz doświadczeniach firm, które z sukcesem przeszły procedury weryfikacyjne.

Kiedy spodziewać się kontroli i jakie są jej rodzaje?

Zgodnie z aktualnymi procedurami obowiązującymi w 2025 roku, kontrola projektów dofinansowanych może przyjąć kilka form:

1. Kontrola planowa w siedzibie beneficjenta

Jest to najpełniejsza forma weryfikacji, która obejmuje:

• Sprawdzenie oryginalnej dokumentacji projektowej
• Weryfikację fizycznych efektów realizacji projektu
• Wywiady z personelem zaangażowanym w realizację zadań

„W przypadku projektów o wartości powyżej 3 mln zł, prawdopodobieństwo kontroli planowej wynosi obecnie niemal 100%” – podkreśla Agnieszka Kowalska, dyrektor Departamentu Kontroli w PARP, w raporcie z lutego 2025 roku.

2. Kontrola doraźna

Przeprowadzana jest w przypadku:

• Sygnałów o nieprawidłowościach
• Znaczących opóźnień w realizacji projektu
• Rozbieżności w dokumentacji przesyłanej do instytucji

3. Kontrola ex-post

Weryfikuje utrzymanie trwałości projektu po jego zakończeniu (zazwyczaj przez 3-5 lat). Od 2025 roku kontrole ex-post są przeprowadzane ze zwiększoną częstotliwością – obejmują około 25% zakończonych projektów.

7 kluczowych obszarów weryfikowanych podczas kontroli dotacji

Na podstawie analizy 500 protokołów pokontrolnych z lat 2023-2024, eksperci Krajowej Izby Gospodarczej zidentyfikowali siedem obszarów, w których najczęściej wykrywane są nieprawidłowości:

1. Zamówienia publiczne i zasada konkurencyjności

W 2024 roku aż 42% wszystkich korekt finansowych dotyczyło nieprawidłowości w obszarze zamówień. Najczęstsze błędy to:

• Nieuzasadnione dzielenie zamówień na mniejsze części
• Nieprawidłowe szacowanie wartości zamówienia
• Niewystarczające upublicznienie zapytania ofertowego
• Nieuprawnione stosowanie wyłączeń z zasady konkurencyjności

Jak się przygotować:

1. Prowadź szczegółową dokumentację każdego postępowania
2. Zachowaj dowody publikacji zapytań ofertowych (zrzuty ekranu, potwierdzenia)
3. Dokumentuj proces wyboru wykonawców (protokoły z wyboru, karty oceny)
4. Przechowuj wszystkie oferty, również te odrzucone

2. Kwalifikowalność wydatków

Audytorzy szczególnie wnikliwie analizują, czy poniesione koszty:

• Są niezbędne dla osiągnięcia celów projektu
• Zostały faktycznie poniesione w okresie kwalifikowalności
• Są zgodne z zatwierdzonym budżetem projektu
• Odpowiadają cenom rynkowym

Przykład: Firma technologiczna Poznania musiała zwrócić 180 000 zł z dotacji, gdy kontrola wykazała, że zakupiony sprzęt badawczy miał funkcjonalności wykraczające poza potrzeby projektu, co zostało uznane za wydatek nieracjonalny.

3. Wskaźniki realizacji projektu

Nieosiągnięcie zadeklarowanych wskaźników to drugi najczęstszy powód korekt finansowych. Instytucje weryfikują:

• Stopień realizacji wskaźników produktu (np. liczba zakupionych urządzeń)
• Wskaźniki rezultatu (np. wzrost zatrudnienia, zwiększenie przychodów)
• Metodologię pomiaru i dokumentację potwierdzającą osiągnięcie wskaźników

4. Wprowadzanie zmian w projekcie

Wprowadzenie nieautoryzowanych zmian w projekcie może skutkować uznaniem części lub całości wydatków za niekwalifikowane.

„Od stycznia 2025 roku obowiązują nowe, bardziej elastyczne procedury wprowadzania zmian w projektach unijnych. Beneficjenci mogą teraz samodzielnie przenosić do 15% wartości między kategoriami budżetowymi bez zgody instytucji” – informuje Tomasz Nowak, ekspert z Ministerstwa Funduszy i Polityki Regionalnej.

5. Promocja i informacja

Nieprzestrzeganie zasad promocji projektu może skutkować korektą finansową od 0,5% do 2% wartości dofinansowania. Kontrolerzy weryfikują:

• Oznakowanie miejsca realizacji projektu
• Prawidłowość stosowania logotypów
• Informacje na stronie internetowej beneficjenta
• Dokumenty i materiały związane z projektem

6. Dokumentacja finansowo-księgowa

Kontrolerzy oczekują, że beneficjent będzie posiadał:

• Wyodrębnioną ewidencję księgową dla projektu
• Oryginały faktur i dowodów zapłaty
• Prawidłowe opisy dokumentów księgowych
• Potwierdzenia przepływów finansowych

7. Trwałość projektu

W przypadku projektów inwestycyjnych, beneficjent musi zapewnić trwałość rezultatów przez 3-5 lat po zakończeniu realizacji. Kontrola weryfikuje czy:

• Zrealizowane inwestycje są wykorzystywane zgodnie z przeznaczeniem
• Firma nie zaprzestała działalności
• Struktura własnościowa nie uległa istotnym zmianom

Jak przygotować firmę do kontroli dotacji – praktyczny przewodnik krok po kroku

1. Stwórz uporządkowany system dokumentacji projektowej

Według badań przeprowadzonych przez Związek Przedsiębiorców i Pracodawców, firmy z uporządkowanym systemem archiwizacji dokumentów mają o 70% mniejsze ryzyko poważnych korekt finansowych.

Zalecane działania:

• Zaprowadź segregatory tematyczne z przejrzystą strukturą:
  • Dokumentacja aplikacyjna (wniosek, umowa, aneksy)
  • Dokumentacja finansowa (faktury, przelewy, wyciągi)
  • Dokumentacja zamówień i konkurencyjności
  • Korespondencja z instytucją zarządzającą
  • Dokumentacja merytoryczna (raporty, protokoły)
• Stwórz rejestr dokumentów projektowych z informacjami:
  • Numer i data dokumentu
  • Czego dotyczy
  • Gdzie jest przechowywany (fizycznie i elektronicznie)
  • Z jaką pozycją budżetową jest powiązany
• Zdigitalizuj dokumentację – zeskanuj wszystkie dokumenty i utwórz ich kopie zapasowe

2. Przygotuj zespół do kontroli

Oddeleguj konkretne osoby odpowiedzialne za poszczególne obszary projektu i upewnij się, że:

• Znają zakres swoich obowiązków podczas kontroli
• Potrafią odpowiedzieć na pytania dotyczące realizowanych przez siebie zadań
• Mają dostęp do odpowiedniej dokumentacji

„Podczas kontroli kluczowe jest, aby osoba odpowiedzialna za projekt potrafiła płynnie poruszać się po dokumentacji i znała szczegóły realizacji. Zdarza się, że projekty są kontrolowane nawet 2-3 lata po zakończeniu, gdy pracownicy odpowiedzialni za ich realizację już nie pracują w firmie” – ostrzega Rafał Tenerowicz, ekspert projektów unijnych z 15-letnim doświadczeniem.

3. Przeprowadź audyt wewnętrzny przed kontrolą

Około 65% nieprawidłowości można wykryć i skorygować przed kontrolą zewnętrzną, przeprowadzając rzetelny audyt wewnętrzny. Sprawdź:

• Zgodność realizacji z harmonogramem i budżetem
• Kompletność dokumentacji dla każdego wydatku
• Prawidłowość procedur zamówień publicznych/konkurencyjności
• Osiągnięcie wskaźników produktu i rezultatu

Sporządź raport z audytu wewnętrznego i podejmij działania naprawcze przed kontrolą zewnętrzną.

4. Przygotuj pomieszczenie i materiały na kontrolę

Kontrola w siedzibie beneficjenta wymaga odpowiedniego zaplecza:

• Wydzielone pomieszczenie dla kontrolerów
• Dostęp do kopiarki, skanera, internetu
• Przygotowane oryginały dokumentów
• Możliwość prezentacji efektów rzeczowych projektu

5. Opracuj checklistę kontrolną

Przed wizytą kontrolerów przygotuj checklistę obejmującą:

• Kompletność dokumentacji projektowej
• Zgodność realizacji z harmonogramem
• Prawidłowość procedur zamówień
• Prawidłowość oznakowania i promocji
• Osiągnięcie wskaźników
• Zgodność stanu faktycznego z deklarowanym we wnioskach o płatność

Najczęstsze błędy wykrywane podczas kontroli dotacji 

Na podstawie raportu „Nieprawidłowości w projektach unijnych” opublikowanego przez KPMG w styczniu 2025 roku, można zidentyfikować pięć najczęstszych uchybień:

1. Nieprawidłowe stosowanie zasady konkurencyjności (36% wszystkich nieprawidłowości)

Case study: Firma produkcyjna z województwa dolnośląskiego musiała zwrócić 350 000 zł dofinansowania, gdy kontrola wykazała, że rozbicie zamówienia na cztery mniejsze części miało na celu uniknięcie stosowania bardziej rygorystycznych procedur.

Jak uniknąć:

• Planuj zamówienia kompleksowo na cały okres realizacji projektu
• Konsultuj wątpliwości z instytucją zarządzającą przed wszczęciem postępowania
• Dokumentuj proces szacowania wartości zamówienia

2. Brak pełnej dokumentacji wydatków (27% nieprawidłowości)

Najczęstsze braki:

• Protokoły odbioru prac lub dostaw
• Dokumentacja potwierdzająca wybór wykonawcy
• Dowody faktycznego wykorzystania zakupionych usług/towarów

3. Zmiany w projekcie bez zgody instytucji (18% nieprawidłowości)

Typowe nieautoryzowane zmiany:

• Zmiana parametrów technicznych zakupionego sprzętu
• Przesunięcie terminów realizacji kluczowych etapów
• Modyfikacja zakresu rzeczowego bez aktualizacji wskaźników

4. Nieosiągnięcie zadeklarowanych wskaźników (12% nieprawidłowości)

Przykład: Startup technologiczny z Krakowa, który otrzymał 1,2 mln zł na rozwój innowacyjnej aplikacji, musiał zwrócić 30% dotacji po tym, jak nie osiągnął zadeklarowanego wzrostu przychodów o 40% w ciągu roku od zakończenia projektu.

5. Błędy w rozliczaniu personelu (7% nieprawidłowości)

Typowe problemy:

• Niewystarczająca dokumentacja czasu pracy
• Zawyżanie stawek wynagrodzeń
• Rozliczanie kosztów osób niezaangażowanych bezpośrednio w projekt

FAQ: Najczęściej zadawane pytania o kontrolę projektów dotacyjnych

Jak długo trzeba przechowywać dokumentację projektową?

Zgodnie z najnowszymi wytycznymi, dokumentację projektów finansowanych z Funduszy Europejskich na lata 2021-2027 należy przechowywać przez 5 lat od daty końcowej płatności. Dla projektów objętych pomocą publiczną termin może być wydłużony do 10 lat. Warto jednak pamiętać, że dokumenty księgowe podlegają również krajowym przepisom o rachunkowości, które mogą przewidywać dłuższe okresy archiwizacji.

Czy można odmówić kontroli?

Nie. Zgoda na poddanie się kontroli to jeden z podstawowych obowiązków beneficjenta wynikających z umowy o dofinansowanie. Odmowa może skutkować natychmiastowym rozwiązaniem umowy i koniecznością zwrotu całości otrzymanego dofinansowania wraz z odsetkami.

Co zrobić, jeśli nie zgadzamy się z wynikami kontroli?

Beneficjent ma prawo wnieść zastrzeżenia do ustaleń kontroli w terminie 14 dni od otrzymania informacji pokontrolnej. Zastrzeżenia powinny:

• Odnosić się konkretnie do zarzutów
• Zawierać uzasadnienie merytoryczne
• Być poparte dokumentami/dowodami

Od 2025 roku wprowadzono nową ścieżkę odwoławczą – możliwość skierowania sprawy do niezależnego zespołu arbitrażowego, jeśli pierwsza ścieżka odwoławcza nie przyniosła oczekiwanych rezultatów.

Czy można wprowadzać zmiany w projekcie po kontroli?

Zależy to od charakteru zaleceń pokontrolnych. Niektóre nieprawidłowości można naprawić (np. uzupełnić brakującą dokumentację promocyjną), inne skutkują nieuchronnie korektą finansową (np. nieprawidłowo przeprowadzone zamówienie). Kluczowe jest terminowe wdrożenie zaleceń pokontrolnych.

Narzędzia wspierające przygotowanie do kontroli

Od stycznia 2025 roku beneficjenci mogą korzystać z nowych narzędzi usprawniających przygotowanie do kontroli:

1. Generator Protokołów Odbioru – dostępny na platformie Funduszy Europejskich, pomaga tworzyć standardowe protokoły zgodne z wymogami kontrolnymi
2. Aplikacja „Kontrole Projektów” – oficjalne mobilne narzędzie Ministerstwa Funduszy i Polityki Regionalnej zawierające:
   • Interaktywne checklisty kontrolne
   • Bazę najczęstszych nieprawidłowości
   • Możliwość skanowania dokumentów i przypisywania ich do kategorii budżetowych
3. Webinary przygotowawcze – cykliczne szkolenia online prowadzone przez instytucje zarządzające

Klucz do bezproblemowej kontroli dotacji

Kontrola po otrzymaniu dotacji nie musi budzić obaw, jeśli firma jest odpowiednio przygotowana. Kluczem do sukcesu jest:

1. Bieżące dokumentowanie wszystkich działań i wydatków
2. Regularne monitorowanie postępu realizacji i wskaźników
3. Komunikacja z instytucją w przypadku konieczności wprowadzenia zmian
4. Przejrzysty system archiwizacji pozwalający szybko odnaleźć potrzebne dokumenty
5. Przygotowanie merytoryczne zespołu odpowiedzialnego za projekt

Potrzebujesz wsparcia w przygotowaniu do kontroli dotacji?

Zespół ekspertów Stratego od 18 lat pomaga beneficjentom przejść pomyślnie przez kontrole projektów dotacyjnych. Oferujemy:

• Audyt przedkontrolny identyfikujący potencjalne ryzyka
• Przygotowanie i uporządkowanie dokumentacji projektowej
• Wsparcie podczas kontroli i w procesie wdrażania zaleceń pokontrolnych
• Reprezentację w postępowaniach odwoławczych

Skontaktuj się z nami, aby umówić bezpłatną konsultację i zminimalizować ryzyko zwrotu dotacji!